1、原料气生本
LNG车用燃料存在三种不同的原料气，分别是井口气、管道气和生物气。六种运营模式中，专用液化模式、减压液化模式、现场小型液化模式和进口终端模式的原料气是管道气。脱氮装置和气体分离设备的原料气是井口气。生物气模式中，原料气的成本便宜得多，甚至是零。但是零成本的原料气并不是总能够实现的，取决于拥有和运营垃圾填埋场的实体与生产和出售的LNG实体的关系。
在管道气来源中，来自于进口终端的LNG的成本比较低，因为它的原料气来自海外低成本的液化厂。在过去的五年中，美国LNG进口价格与国内井口价格变化基本一致，存在小于1美元/MBtu（0.07美元/gal）的价差。其价格差远低于天然气的液化成本，即使包括进口LNG的净化、储存和卡车装卸设施等附加费用也是如此。
2、升级改质成本
在液化和配送前，不同的原料气（井口、管道和生物气）需要不同程度的改质升级。在液化前，所有的原料气需要一定量的预处理以除去二氧化碳(CO2)、水、高浓度的硫化物、重质烃和其他污染物。井口气可能包含大量的水、氮和重质烃。
管道天然气尽管没有这些污染物，但含有硫醇，作为运输燃料的LNG必须去除硫醇。生物气需要特别处置，因为它含有很高的CO2（通常在40-60%之间），有时可能含有某些化合物会对天然气发动机产生破坏性影响或导致有毒废气物的排放。对于低产量的天然气液化装置生产的改质升级可能是非常昂贵的（例如生物气生产装置）。生物气作为原料气本身可能是不经济的，但是由于它的减排效果明显，所以它的经济社会效应还是很高的。因此，作为LNG的原料气，生物气的改质升级成本最昂贵，而管道气最便宜。
3、配送距离
液化厂距LNG加气站有不同的配送距离。液化厂离LNG加气站的距离越远，配送的成本越高。NRUS和GSPS等位于井口附近的液化装置离潜在的LNG消费市场最远。生物气生产设施的位置靠近人口中心，因此拥有最短的配送距离和最低的配送成本。来源于管道气的液化设施的配送距离居中，同时也拥有最低生产成本。
专用液化模式下，LNG的成本主要是原料气的成本，配送成本占比较小。LNG车用燃料专用液化模式的优点是位于或接近LNG车辆燃料需求较高的地区，从而最大限度地减少配送的距离。减压液化设备的位置是固定的。如果LNG需求中心附近没有减压站，那么采用这种模式将会增加运输成本。NRUS和GSPS模式中， LNG加气站的位置不处于LNG车用燃料需求的中心，所以其配送距离甚远而相关的成本巨大。值得注意的是，现场液化模式中由于实现了液化和加注的一体化，因此消除了运输成本。
4、投资成本和运营成本
专用液化模式的投资成本类似于大型液化厂的投资成本，它的投资成本是最大的。LNG调峰站可以用来液化和储存大量的天然气，然后再将LNG气化以满足高峰用气需求。由于此模式装置的投资已经发生，因此其储备的天然气似乎是一个理想的（但有限）的LNG车辆燃料源。NRUS和GSPS模式的大部分设备的投资费用业可以被认为是一个“沉没成本”。
虽然减压液化模式的应用具有一定的特殊性和局限性，但它的运营成本很低。这种模式最主要的好处是减少或消除压缩环节。其将部分降低投资成本，并大幅降低运营和维护成本。城市门站的污染物排放也随之减少，政府审批也更容易通过。
5、容量
容量和生产能力直接决定了LNG液化站的单位生产成本。专用和调峰液化站具有大型的LNG生产能力，可以充分利用规模经济的优势，因此减少了每单位液化天然气的液化成本。专用液化厂的生产能力大约是80000-16000gal/d。由于生产规模比较大和规模经济的原因，单位LNG的成本相对较低。大规模液化装置（超过100000gal/d）每加仑的成本远小于小规模的液化装置。
受城市门站减压站天然气气体流量和压力的限制，减压液化模式下液化器的生产能力是有限的。因此，虽然减压透平膨胀机液化器的运营成本是最小的，但是由于总产量的降低，单位LNG的成本增加。小型液化器模式的总成本低于可以满足更多LNG需求的专用液化模式，但这种模式的单位LNG的成本更高。
6、其它因素
一些其它因素也可能影响LNG加气站模式的选择。例如，由于土地成本和政策允许等因素的影响，在某些城区建造专用LNG液化站是不现实的。事实上在美国许多LNG调峰站已经用来提供LNG生辆燃料。
然而，这一方式也存在一些不确定因素。一些公用事业公司并不愿意将自己存储的LNG用于调峰以外的其它目的，还有，管理机构的批准可能也非常谨慎，并且LNG调峰站不一定位于LNG车辆燃料需求较高的地区。由于巨大的温室气体减排效应，一些政府立法支持利用生物气，并为此提供了财政支持，从而增加了生物气模式的经济性。
